Как я создавал проект на GitHub:

1. Форкнул проект на GitHub — github.com/livestreet/livestreet
2. Клонировал реп на локальную машину
3. Отклолол ветвь myproject
4. Установил ЛС
5. Добавил в .gitignore
   

   .idea/
   install/
   templates/skin/developer/
   templates/skin/synio/

6. Направил ветку myproject смотреть за основным репозиторием
7. Запушил ветку в свою репу
8. Удалил папку инсталл
   

   git rm -r -f install/

9. Подключил сабмодуль для собственного шаблона
10. Подключил сабмодули для бесплатных плагинов
11. Профит

Ветка master нам пригодится в том случае если захотим изменить движ на этапе установки из папки install (например, подправить/добавить поля в БД)
Если же мы захотим изменить ф-ции движка мы сможем это сделать из ветки myproject.