Ну, гипотетически, может быть, что вы скопировали ФС, пользователь загрузил аватарку, апотом бекапится БД. Да и фиг с ним, считаю. БД в любом случае валидна будет.

консистентность лучше осуществлять, если вначале скопировать ФС, а потом БД. Так как из БД намного проще удалить нерекавериемые данные, чем чистить ФС от новых файлов.

Бэкап сайта на своем хостинге могу получить в любое последнее время в течении 2 и более недель, это считаю хорошей альтернативной помощью вебразработчику. Потому что бывает такие ситуации, что по неосторожности удалил какую то базу, поле или таблицу и даже файлы, то все подлежит восстановлению очень легко, и все это пригодится в работе с любым скриптом.