Либо у кого-то есть доступ от пользователей/админа, ну или даже ваших баз данных.
У меня такой прикол был с хостером, у них сбои происходили и они откатывали утренние бекапы баз и пропадало часть за день добавленных материалов и комментов. Но это было лет 8 назад и на говнохостинге за 30 рую/месяц.

Проверьте, возможно, у кого-то еще есть права администратора и кто-то просто балуется (может взломали ваш сайт), либо смените хостинг-провайдера, не исключено, что откатывают бэкап. Еще можете поставить плагин "Безопасное удаление топиков" и если выяснится, что действительно пользователь не удаляет свои топики, то скорее всего хостер «играется» с базами.

Можно попробовать посмотреть логи веб-сервера, на предмет действий удаления, чтобы исключить что это пользователь с доступом делает, чем черт не шутит.

я делал бэкапы и у меня возможно сеть база в которой есть новость эта удаленная новость. Как грамотно вытянуть новость из старой базы и вставить в новую?

на другом шаблоне тоже нету этого топика?