Может быть узнаваемость сайта. У меня похожая ситуация была с одним запросом — после того как он попал в топ10 был рост кликов, через какое-то время — спад, конкуренты больше отвечали запросу, я меньше.
Посмотрите время на сайте проведенное посетителями по этому запросу, конкурентов.

возможно, общее количество запросов в гугле упало.Следовательно и упало количество кликов.
Примеры запросов можно?

Чтоб понять логику ПС, представим идеальные варианты, где все по-белому оптимизируют сайты и никто не покупает ссылки на биржах.
Есть 2 сайты с одинаковыми «стартовыми данными». На один сайт пользователи после пс-выдачи кликают чуть-чуть чаще. Соответственно гугл логично это принимает за большее соответствие запросу и повышает в выдаче именно этот сайт. Но. Это вызывает цепную реакцию не только у машин, но и у людей: раз пс выдают сайт первым, значит он больше подходит тому, что я ищу. И переходят.
+ сайт делает крутой уникальный контент, а его название соответсвует главному пс-запросу. Другие тематически близкие издания перепечатывают контент и ссылаются на сайт с анкором-нужным пс-запросом.
Итак, что первое, позиция или клики? Курица или яйцо?
Далее, сайт, что слабее, покупает ссылки на биржах, и гугл видит, что запросу больше подходит новый сайт. Если он ставит новый сайт выше, люди МОГУТ обратить внимание на новый сайт, а могут и не зайти — потому что привыкли к первому. Отсюда как мне кажется, и скачки. Гугл видит, что CTR по запросу у нового сайта ниже, и может вернуть в топ выдачи первого.
Где-то так вижу эту ситуацию, 100% ИМХО.

Кстати, здесь очень важен сам тип запроса. Запрос «где купить ноутбук дешевле» сильно отличается от запроса «новости закарпатья». Т.к. ради первого люди будут и 5 страниц пс-выдачи изучать, потому что настроены сравнивать. Во втором варианте, да, имеет место брэнд, и все сливки забирают топ-3 пс-выдачи максимум.

А какой запрос берет гугл при определении средней позиции? Может там учитывается длинный хвост их нч запросов?