Вообщем я сделал следующее:

Меняем код для контакта, гугла и твиттера в файле inject.header.tpl. Вот полный код отредактированного файла:

{if $aConfig.vkontakte==1}
{literal}
<script src="http://vkontakte.ru/js/api/openapi.js" type="text/javascript" charset="windows-1251"></script>

<script type="text/javascript">
  VK.init({
    apiId: 2709047,
    onlyWidgets: true
  });
</script>
{/literal}
{/if}
{if $aConfig.yandex==1}
{literal}
<script type="text/javascript" src="http://yandex.st/share/share.js" charset="utf-8"></script>
{/literal}
{/if}
{if $aConfig.moimir==1}
{literal}
<script src="http://cdn.connect.mail.ru/js/share/2/share.js" type="text/javascript"></script>
{/literal}
{/if}
{if $aConfig.google_plusone==1}
{literal}
<script type="text/javascript">
  window.___gcfg = {lang: 'ru'};

  (function() {
    var po = document.createElement('script'); po.type = 'text/javascript'; po.async = true;
    po.src = 'https://apis.google.com/js/plusone.js';
    var s = document.getElementsByTagName('script')[0]; s.parentNode.insertBefore(po, s);
  })();
</script>
{/literal}
{/if}
{if $aConfig.linkedin==1}
{literal}
<script src="http://platform.linkedin.com/in.js" type="text/javascript"></script>
{/literal}
{/if}
{if $aConfig.odnoklassniki_class==1 or $aConfig.odnoklassniki_share==1}
{literal}
<link href="http://stg.odnoklassniki.ru/share/odkl_share.css" rel="stylesheet">
<script src="http://stg.odnoklassniki.ru/share/odkl_share.js" type="text/javascript"></script>
<script type="text/javascript"><!-- jQuery(document).ready(function() { ODKL.init(); }); --></script>
{/literal}
{/if}

Для контакта, получаем ID здесь vkontakte.ru/developers.php?oid=-1&p=Like и вставляем вместо слов «ВАШ ID».

Далее редактируем файл inject.topic.tpl. Вот его отредактированная версия:

  <div id="ish-socbookmarks">
  {if $aConfig.yandex==1}
	<div id="yandex" class="yashare-auto-init" data-yashareType="button" data-yashareQuickServices="{$aConfig.y_services}">
	</div>
	{/if}
	{if $aConfig.vkontakte==1}
	<div id="vkontakte">
    <div style="margin-top:5px;">
	{literal}
    
		<div id="vk_like"></div>
        
<script type="text/javascript">
VK.Widgets.Like("vk_like", {type: "button",height: 20});
</script>
	{/literal}
	</div>
    </div>
	{/if}
	{if $aConfig.facebook==1}
	<div id="facebook">
    <div style="float: left; padding-left: 10px; margin-left:-48px; margin-top:5px;">
    {literal}
    <div class="fb-like" data-send="false" data-layout="button_count" data-width="125" data-show-faces="false"></div>
    {/literal}
	</div>
    </div>
	{/if}
	{if $aConfig.moimir==1}
	<div id="moimir">
    {literal}
    <script type="text/javascript"><!--
    document.write('<a class="mrc__share" type="button_count" href="http://connect.mail.ru/share?share_url='+escape(document.location.href)+'">{/literal}{$aLang.ishsocbookmarks_moimir}{literal}</a>');
    --></script>
    {/literal}
	</div>
	{/if}
	{if $aConfig.tweetme==1}
	<div id="tweetme">
    <div style="float: left;padding-left: 5px; margin-top:5px; ">
	{literal}
		<a href="https://twitter.com/share" class="twitter-share-button" data-count="horizontal" data-lang="ru">Твитнуть</a><script type="text/javascript" src="//platform.twitter.com/widgets.js"></script>
	{/literal}
	</div>
    </div>
	{/if}
  {if $aConfig.linkedin==1}
	<div id="linkedin">
  {literal}
    <script type="text/javascript"><!--
    document.write('<s'+'cript type="IN/Share" data-url="'+escape(document.location.href)+'" data-counter="right"></s'+'cript>');
    --></script>
  {/literal}
	</div>
	{/if}  
  {if $aConfig.google_plusone==1}
   <div style="float: left;margin-left:-8px; margin-top:9px;">
  	<g:plusone size="medium"></g:plusone>
    </div>
	{/if}
  {if $aConfig.odnoklassniki_class==1}
	<div id="odnoklassniki_class">
    <script type="text/javascript"><!--
    document.write('<a class="odkl-klass-oc" href="'+escape(document.location.href)+'" onclick="ODKL.Share(this);return false;" ><span>0</span></a>');
    --></script>
	</div>
	{/if}
  {if $aConfig.odnoklassniki_share==1}
	<div id="odnoklassniki_share">
    <script type="text/javascript"><!--
    document.write('<a class="odkl-share-oc" href="'+escape(document.location.href)+'" onclick="ODKL.Share(this);return false;" ><span>0</span></a>');
    --></script>
	</div>
	{/if}
  </div>

И последнее, в файл header_top.tpl, в самый конец (в файлах шаблона вашего сайта) добавил код для фейсбук, так как в файле inject.header.tpl не нашел для него места:

{literal}
<div id="fb-root"></div>
<script>(function(d, s, id) {
  var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0];
  if (d.getElementById(id)) return;
  js = d.createElement(s); js.id = id;
  js.src = "//connect.facebook.net/ru_RU/all.js#xfbml=1&appId=Ваш ID";
  fjs.parentNode.insertBefore(js, fjs);
}(document, 'script', 'facebook-jssdk'));</script>    
{/literal}

Вместо «Ваш ID» соответственно вставляем свой. Чтобы получить id, нужно создать прилофение в фейсбуке для вашего сайта. Щас ссылок под рукой нет, но думаю погуглить немного труда не составит, все просто там.

Ну вроде все, надеюсь понятно объяснил!)

Цвет прописан по дефолту в самом mootools в плагине StickyWin.Modal.js
(по умолчанию фон #333 и прозрачность 0.8)

Чтобы изменить эти настройки нужно открыть файл (по примеру стандартного шаблона)
templates/skin/new/js/other.js и найти в нем строку:

winFormImgUpload=new StickyWin.Modal({content: $('window_load_img'), closeClassName: 'close-block', useIframeShim: false, modalOptions: {modalStyle:{'z-index':900}}});

в конце перед последней закрывающей скобкой вставить переопределяющие свойства, вот так:

winFormImgUpload=new StickyWin.Modal({content: $('window_load_img'), closeClassName: 'close-block', useIframeShim: false, modalOptions: {modalStyle:{'z-index':900}}, maskOptions: {style: {'background-color':'red', opacity:0.7} } });

А именно код

maskOptions: {style: {'background-color':'red', opacity:0.7} }

Где можно задать свойства CSS