Вопрос наверно к Орту. хатя и ко всем тоже.

1. Если я все прально понимаю (поковырявшись в модулях) может случиться так что модуль при установке заменит каконить файл в котором пользователь уже вносил изменения.
2. для пользователей юникс серверов вполне возможно делать не копирование фалов поверх, а например добавление только именённых фрагментов текста (кода)

2.1 возможно проверять «если фала не существует — копировать», «если существует, предложить воткнуть только нужные изменения в файл»

Ну собственно интересуют планы по минимизации затирания хаков наделаных юзером =)

PS думаю тоже можно применить и при обновлении версий движка.
PPS поправте если я не прав гдето…
PPPS это пока в качестве идеи всё =) не судите строго