LiveStreet CMS

Копать надо в comments.js

// Вставка комментария
	this.inject = function(idCommentParent, idComment, sHtml) {
		var newComment = $('<div>', {'class': 'comment-wrapper', id: 'comment_wrapper_id_'+idComment}).html(sHtml);
		if (idCommentParent) {
			// Уровень вложенности родителя
			var iCurrentTree = $('#comment_wrapper_id_'+idCommentParent).parentsUntil('#comments').length;
			if(iCurrentTree == ls.registry.get('comment_max_tree')) {
				// Определяем id предыдушего родителя
				var prevCommentParent = $('#comment_wrapper_id_'+idCommentParent).parent();
				idCommentParent = parseInt(prevCommentParent.attr('id').replace('comment_wrapper_id_',''));
			}
			$('#comment_wrapper_id_'+idCommentParent).append(newComment);
		} else {
			$('#comments').append(newComment);
		}
		ls.hook.run('ls_comment_inject_after',arguments,newComment);
	};

Вот это

$('#comments').append(newComment);

менять надо на то, что вам нужно.
Например,

if ($('#comments > .comment-wrapper').length)
    $('#comments > .comment-wrapper:first').before(newComment);
else 
    $('#comments').append(newComment);