удаляли пользователей? «активные» считаются по времени сессии и данные берутся из таблицы session. т.к. вы удаляли пользователей, но не удаляли их сессии, то пока не выйдет время module.user.time_active сессии будут значиться как «активные»: 3 — 9 = -6.

поэтому либо почистите таблицу session от записей пользователей, которых больше нет, либо ждите — после времени module.user.time_active будут показываться корректные числа.

была такая проблема — как отметил PSNet после удаления пользователей через aceAdminPanel остаются поля в таблице prefix_session.
автор плагина предложил удалять их при удалении пользователя:

В \plugins\aceadminpanel\classes\modules\admin\mapper\Admin.mapper.class.php найдите такие строки:

$sql = "DELETE FROM " . Config::Get('db.table.user') . " WHERE user_id=?d";
@$this->oDb->query($sql, $nUserId);

и ПЕРЕД ними вставьте:

$sql = "DELETE FROM " . Config::Get('db.table.session') . " WHERE user_id=?d";
@$this->oDb->query($sql, $nUserId);

А вы использовали ранее плагин Remember Me помимо админки? Если так, то и оттуда могут ноги расти. Тут, если что, решение.