Как изветсно LS хранит пароли в очень простом виде — md5(password), обладая некоторым количеством паранойи я решил добавить к нему соль, после ниже описанных изменений пароль будет храниться в виде: sha1(salt+md5(password))
Итак, приступим.

Нам потребуется добавить в базе данных, в таблице prefix_user новое поле под названием user_password_salt VARCHAR(32)
Размер поля зависит только от вашей паранойи, и от того что вы выберете в качестве соли (об этом пожже).

Далее нам потребуются следующие файлы:

/include/function.php
/classes/modules/user/mapper/User.mapper.php
/classes/modules/user/entity/User.entity.php
/classes/actions/ActionRegistration.class.php
/classes/actions/ActionSettings.class.php
/classes/actions/ActionLogin.class.php

/include/function.php

Это сердце изменений, ищем здесь строки:

function func_encrypt($sData) {
	return md5($sData);
}

И заменяем их на следующее:

function func_encrypt($sData,$sSalt = '') {
	return sha1($sSalt.md5($sData));
}

function func_getsalt()
{
	return microtime(false);
}

Функция func_getsalt() генерирует соль, я выбрал для этого микротайм, вы вольны подставить туда все что захочется, главное чтобы результат был как можно более уникальным.

/classes/modules/user/mapper/User.mapper.php

Найти строку:

user_password,

Заменить на:

user_password,
user_password_salt

Найти строку:

if ($iId=$this->oDb->query($sql,$oUser->getLogin(),$oUser->getPassword(),$oUser->getMail(),$oUser->getDateRegister(),$oUser->getIpRegister(),$oUser->getActivate(),
$oUser->getActivateKey())) {

Заменить на:

if ($iId=$this->oDb->query($sql,$oUser->getLogin(),$oUser->getPassword(),$oUser->getPasswordSalt(),$oUser->getMail(),$oUser->getDateRegister(),$oUser->getIpRegister(),$oUser->getActivate(),
$oUser->getActivateKey())) {

Найти строку:

user_password = ? ,

Заменить на:

user_password = ? ,
user_password_salt = ? ,

Найти строку:

if ($this->oDb->query($sql,$oUser->getPassword(),

Заменить на:

if ($this->oDb->query($sql,$oUser->getPassword(),
$oUser->getPasswordSalt(),

/classes/modules/user/entity/User.entity.php

Надо добавить в класс следующие две функции:

public function getPasswordSalt() {
    return $this->_aData['user_password_salt'];
}
public function setPasswordSalt($data) {
    $this->_aData['user_password_salt']=$data;
}

/classes/actions/ActionRegistration.class.php

Ищем строку:

$oUser->setPassword(func_encrypt(getRequest('password')));

И заменяем ее на:

$salt = func_getsalt();
$oUser->setPassword(func_encrypt(getRequest('password'),$salt));
$oUser->setPasswordSalt($salt);

/classes/actions/ActionSettings.class.php

Ищем строку:

$this->oUserCurrent->setPassword(func_encrypt(getRequest('password')));

И заменяем ее на:

$salt = func_getsalt();
$this->oUserCurrent->setPassword(func_encrypt(getRequest('password'), $salt));
$this->oUserCurrent->setPasswordSalt($salt);

/classes/actions/ActionLogin.class.php

Ищем строку:

if ($oUser->getPassword()==func_encrypt(getRequest('password')) and $oUser->getActivate()) {

И заменяем ее на:

if ($oUser->getPassword()==func_encrypt(getRequest('password'), $oUser->getPasswordSalt()) and $oUser->getActivate()) {

Ищем строку:

$oUser->setPassword(func_encrypt($sNewPassword));

И заменяем ее на:

$salt = func_getsalt();
$oUser->setPassword(func_encrypt($sNewPassword, $salt));
$oUser->setPasswordSalt($salt);

Вот и Все!
От себя хочу добавить что все пароли введенные до этого момента станут недействительными и их придется восстанавливать.

P.S. На перенос в Tips & Tricks не хватает кармы.