Не буду спорить, вещь весьма полезная :). Модули, написанные через замыкания, еще можно переопределить, но markitup settings вшита жестко, возможно, вариант с клонированием, а потом переопределением через eval модифицированного кода функции, единственно верный. Всегда кстати интересовал вопрос про eval, не жрет ли он лишней памяти?
Напишите еще пояснение к методам? Не совсем понял про маркеры.

Аякс бы переопределил как-то так:

ls_ajax_addon = (function ($) {
        this._ajaxParent = this.ajax;
        this.ajax = function(url,params,callback,more) {
            console.log(url);    
            return this._ajaxParent(url,params,callback,more);             
        }               
        return this;
}).call(ls || {},jQuery);

Но триггеры я бы тоже расставил на все аяксовые события. Например, на приход инфо о блоге при выборе из дропдаун листа. Пришел ответ, сработал триггер, на нем висит, например, анимация в другом блоке. При этом обновление инфо о блоге и анимация могут работать одновременно.