так а почему они не должны вновь создаваться? Если у вас включено файловое кэширование, то при каждом обращении к странице файлы будут вновь создаваться.
Через тотал командер файл могут не удаляться если вы подключаетесь под одним пользователем, а пхп работает от имени другого пользователя и у вас банально нет прав на эти файлы

а как его отрубать на время? или чет в этом роде
а то у меня тоже нельзя картинки удалить с хостинга они заново создаются моментально

дело в том, что при изменении css, нужно чистить кэш. удаляя создаваемые файлы cssв кэше, изменения не вступают в силу. РЕшил только изменением самого файла css в кэше. Но, думаю, это неправильное решение.

На время отладки лучше отключать кеширование.
в файле config/config.php

$config['sys']['cache']['use']    = true;

вместо true пишем false
Ну а лучший вариант, что писать измененные параметры из config.php в config.local.php