Почему-то в loader.php стоит идентичный повторный инклюд:

* Инклудим все *.php файлы из каталога {path.root.engine}/include/ — это файлы ядра
$sDirInclude=Config::get('path.root.engine').'/include/';

* Инклудим все *.php файлы из каталога {path.root.server}/include/ — пользовательские файлы
$sDirInclude=Config::get('path.root.server').'/include/';