Смотрел в код и увидел, что конфиги плугинов в loader.php подключаются после пользовательских плагинов, это приводит к не возможности изменить настройки плагинов в пользовательском конфиге. Нужно каждый раз править конфиг в папке с плугинами.

Это сделано специально?